La trama di Black Lagoon segue le avventure di un gruppo di mercenari, conosciuti come Lagoon Company, che per denaro non esita a sporcarsi le mani: specializzati nella consegna delle più disparate merci (compresi esseri umani) si trovano sempre a dover combattere con altri malviventi tra cui gang locali ed ex militari allo sbando. La loro base operativa è localizzata nell'immaginaria città di Roanapur in Thailandia, e effettuano i colpi con la loro barca.